Позднее в правом крыле разместился дом отдыха сотрудников НКВД, в левом — детский дом им. Юных Коммунаров на месте закрытых комнат детей Николая II, на втором этаже левого крыла здания. В 1941 году, в начале Второй мировой войны, из Александровского дворца- музея были эвакуированы люстры, ковры, мебель, мраморные и фарфоровые изделия, часть книг из библиотеки. В подвале музея располагалось руководство партийных органов.

  После взятия г. Пушкина немецкими частями в залах Александровского дворца разместился немецкий штаб и гестапо, а в подвалах — тюрьма, площадь перед дворцом была превращена в кладбище для солдат СС. По окончанию войны дворец был законсервирован, а в июне 1946 года отдан Академии наук СССР для хранения коллекций Института русской литературы (Пушкинского дома) и размещения экспозиции Всесоюзного музея А. С. Пушкина. В 1947-1951 годах во дворце начались реконструктивные и реставрационные работы, в ходе которых планировалось наряду с сохранившимися интерьерами Дж. Кваренги воссоздать интерьеры времён императора Николая I и Николая II. Однако во время этих работ, сохранившиеся элементы отделки в Кленовой и Палисандровой гостиных супруги императора Николая II, императрицы Александры Федоровны, Уборной императора Николая Александровича были уничтожены.

  В 1951 году постановлением правительства Александровский дворец передается Военно-морскому ведомству, а коллекции дворца-музея передаются на хранение в Екатерининский и Павловский дворцы-музеи — среди них вещи, созданные специально для интерьеров Александровского дворца. В 1996 году на реставрацию Александровского дворца был получен грант Всемирного фонда памятников ( World Monuments Fund ). В августе 1997 года, при активном содействии музея-заповедника "Царское Село" и военной организации, расположенной в здании дворца, после проведения косметического ремонта в левом флигеле, в личных апартаментах императора Николая II и императрицы Александры Федоровны открылась экспозиция "Воспоминания в Александровском дворце". В частично сохранившихся исторических и несохранившихся интерьерах (выставочных комнатах) сегодня представлены предметы убранства, личные вещи императора, его супруги, их дочерей — Ольги, Татьяны, Марии,Анастасии и сына — царевича Алексея.